En cuanto a las actividades de agua que también forman parte en el ecoturismo, las opciones al igual que con las actividades de tierra y de aire, igualmente son muy variadas, por lo que es una oferta muy amplia y de recreación que tienen mucho éxito. La principal actividad en agua tendría que ser:
- El submarinismo. Está es una actividad en la que las personas se sumergen, utilizando un equipo especial para ello, con el objetivo de conocer y apreciar la diversidad de especies y riqueza natural de la zona.
El equipo básico que se emplea para realizar está actividad incluye, dependiendo de la zona y la profundidad, tanque de aire (botellas) y regulador, visores, snorkel y aletas, entre otros. Aunado al submarinismo es muy común también la práctica del Kayak.
- El Kayak, consiste en una pequeña embarcación de diseño hidrodinámico que por lo general se utiliza en aguas tranquilas o un poco agitadas y que también tiene el objetivo de apreciación de la naturaleza y en otros casos el esfuerzo físico.
- Finalmente la pesca recreativa es otro tipo de actividad que también se acostumbra hacer en el ecoturismo, que a diferencia de la pesca tradicional únicamente tiene con objetivo el pescar un pez sin la finalidad de comerciarlo o por competir por algún premio. Está actividad se tiene que realizar cuando las autoridades ecológicas lo permitan y usualmente se libera el pez una vez que se pesca.
